Das fränkische Kloster Münsterschwarzach, das niederbayerische Kloster Metten und das Kloster Irsee im Allgäu stehen beispielhaft für die Repressalien und Übergriffe – bis hin zur Klosteraufhebung – mit denen die Ordensgeistlichen zur Zeit des Zweiten Weltkrieges zu kämpfen hatten. Die Klosteraufhebungen zielten zum einen gegen das Mönchswesen an sich, das gemäß der nationalsozialistischen Ideologie als schädlich für den deutschen "Volkskörper" angesehen wurde. So galten Ordensleute, die im Zölibat lebten, den Nazis als "unnütze Blindgänger". Am Beispiel des fränkischen Klosters Münsterschwarzach, das am 9. Mai 1941 durch Würzburger Gestapo-Beamte aufgehoben wurde, lässt sich der Kampf um die Hoheit in der Abtei anhand eines bislang kaum bekannten Quellen-Schatzes minutiös rekonstruieren.

Heimlich aufgenommene Fotos, Dokumente und Feldpostbriefe zeigen, wie Gestapo-Beamte vorgingen. Zunächst versuchte man unter fadenscheinigen Gründen dem Konvent eine regimefeindliche Haltung nachzuweisen. Vorab drapierte "Beweise" in Form von regimekritischen Schriften sollten den NS-Klostersturm legitimieren. Doch die Gestapo hatte nicht mit dem Mut der Bevölkerung gerechnet und deren enge Verbundenheit mit "ihren" Benediktinern.

Ohne Furcht vor möglichen Folgen gingen einige Hundert Bauern, Mägde, Knechte und Hausfrauen auf die Straße und bauten sich schützend vor der Abtei auf. Zwei Tage dauerte der Kampf um das Kloster Münsterschwarzach, bis die Staatsgewalt mit einem Großaufgebot anrückte. Das Kloster wurde konfisziert, der Abt und seine Patres ins Exil geschickt.

Rund 50 Laienbrüder sollten die Klosterökonomie weiterführen, überwacht von einem staatlichen Verwalter. Dieser verfügte sogleich, die Brüder hätten sich von ihrem Zölibats-Eid zu lösen und schnellstmöglich zu heiraten und Familien zu gründen. Doch die Mönche dachten gar nicht daran, sich den katholischen Glauben nehmen zu lassen.

Auch im niederbayerischen Kloster Metten, 766 an der Donau gegründet, hielt man nichts von Staatstreue inmitten eines Unrechtssystems, wie es die NS-Herrschaft darstellte. So begab sich der couragierte Abt Corbinian Hofmeister bereits kurz nach der Machtergreifung Hitlers 1933 in den politischen Untergrund. Bei getarnten Reisen nach Rom zum Vatikan unterstützte er die Putschpläne der militärischen Opposition gegen Hitler. Diese sahen vor: Mithilfe von Papst Pius XII. einen Separatfrieden mit den Alliierten zu erwirken. Voraussetzung für diesen Frieden war die Ermordung des Massenmörders Adolf Hitler.

Das dritte Kloster, das in der Dokumentation genauer in Augenschein genommen wird, war zwar bereits eine staatliche Einrichtung – das im 19. Jahrhundert säkularisierte Kloster Irsee im Allgäu. Dort lebten noch 22 Nonnen vom Augsburger Orden der Barmherzigen Schwestern vom hl. Vinzenz von Paul. Als Krankenpflegerinnen in der Heil- und Pflegeanstalt Kaufbeuren-Irsee dienstverpflichtet, wurden die Nonnen dazu angehalten am staatlichen Euthanasieprogramm mitzuwirken.

Original-Filmaufnahmen aus der Zeit, Tagebücher, Zeugenaussagen, Fotos und viele Original-Dokumente belegen, wie die Nonnen versuchten, sich dem Ordensgebot des Gehorsams heimlich zu widersetzen, um ihre Schützlinge vor dem Gas-, Hunger- oder Gifttod zu retten.