Organische Chemikalien wie Heizöl oder Medikamente gelangen teilweise in die Natur. Meistens als Folge von Unfällen oder weil unsere Kläranlagen die Stoffe nicht vollständig aus dem Abwasser filtern. Doch fast alle diese Stoffe können von den einen oder anderen Mikroorganismen als Nahrung verwendet werden. Die Umweltmikrobiologie erforscht, wie die unerwünschten Chemikalien vollständig verzehrt werden können.

Der Weg durch den Boden ist für Mikroorganismen wie Bakterien ein ziemlich holpriger Parcours mit Hindernissen in Gestalt von Sandkörnern, Tonpartikeln, Pflanzenresten, Fressfeinden und vor allem eingeschlossener Luft, durch die auf Öl und Teer spezialisierte Bakterien nicht hindurch schwimmen können. Doch es gibt auch eine andere Gruppe von Bodenmikroorganismen, die Pilze.

Was wir in unser Omelett schnipseln, sind nur die Fortpflanzungsorgane eines Pilzes. Der Pilz selber lebt als feines Geflecht von Zellfäden im Untergrund. Aneinander gelegt können durchaus hundert Meter Pilzfaden pro Gramm Boden zusammenkommen. Besonders vielversprechend fand die Forschergruppe von Hauke Harms, dass diese Pilzfäden sich unbeirrt ihren Weg durch den Boden bahnen und selbst durch luftgefüllte Bodenporen hindurchwachsen. Sind Pilze einmal etabliert, sind sie als ortsfeste Esser ziemlich gut in der Beseitigung einer Vielzahl von Spurenchemikalien. Für die Beseitigung gravierender Bodenschadstoffe wie Öl und Teer sind Pilze jedoch nicht geeignet. Dazu braucht es Bakterien. Die Pilze können aber dahin gelangen, wo die Bakterien hinmüssten. Bakterien und Pilze können also gemeinsam den Boden „sauber fressen“.