Der Mesner errechnete penibel, er müsse in einem Neubau jährlich 657.000 Schritte mehr als bisher zurücklegen.
Bei der Abstimmung in der Gemeinde wollte der zunächst zuständige Pfarrer nur diejenigen ein Kreuzl machen lassen, die wie er gegen einen Neubau waren. Die Befürworter beklagten die Enge in der alten Kirche. Kinder wie Erwachsene würden unter lautem Gelächter über die eigenen Füße fallen, wenn sie sich zur Kommunion drängelten. Am Ende stand dann – mit knappem Ausgang - doch der Neubau.

Neugotisches Gotteshaus

Die Kirche wurde um 1865 im zu dieser Zeit hochmodernen Stil der Neugotik realisiert: ein rostroter Backsteinbau, unverputzt wie der spitze Turm und das angrenzende Gebäude des ehemaligen Klosters. Geweiht wurde die Kirche der Gottesmutter. Als erste in der Diözese Regensburg erhielt sie den Namen "Maria Immaculata" - Die unbefleckte Empfängnis Mariens.
Eine Marienfigur ist auch der Blickfang des ebenfalls neugotischen Hauptaltars - eine Madonna mit Sternenkranz und Mondsichel. Gleich in ihrer Nähe: die Evangelisten Johannes und Johannes der Täufer, beide Namensgeber der ursprünglichen Kirche sowie des ganzen Dorfes.

Vier Glocken im Turm

1906 wurde der zunächst kahle Innenraum der Kirche mit üppigen neugotischen Ornamenten ausgeschmückt, die zwischenzeitlich übermalt, vor 30 Jahren aber wieder freigelegt wurden. Heute machen sie den geradezu romantischen Charme der Kirche aus, die an der höchsten Stelle von Johannesbrunn errichtet wurde und deren vier Glocken weit hinaus klingen ins Hügelland zwischen Vilsbiburg und Landau an der Isar.