Ein dunkler Tag in der Ortshistorie war der 29. April 1945, als während eines Kriegsgefechts mehrere Einwohner Mammings, darunter auch der Pfarrer, ihr Leben verloren. Nach Artilleriebeschuss stürzte außerdem der hohe Turm der spätgotischen Kirche ein und zerstörte das Kirchenschiff.

Henselmann-Hochaltar

Dank des großen Engagements der Mamminger konnte schon 1947 der Grundstein für eine neue, moderne Kirche gelegt werden – eine der ersten Nachkriegskirchen im Bistum Regensburg. 1949 erfolgte durch Bischof Buchberger schließlich die Weihe. Architekt des Gotteshauses war Regierungsbaumeister Friedrich Haindl, der - zusammen mit anderen namhaften Künstlern - auch die Innenausstattung maßgeblich entwarf.
Besonders erwähnenswert ist der Hochaltar mit den monumentalen Figuren von Professor Josef Henselmann. Der gekreuzigte Christus ist als König dargestellt, wird flankiert von der Kirchenpatronin Margareta und dem Erzengel Michael, die über das Böse siegreich triumphieren. Im großen Rosettenfenster dahinter sind Szenen aus der Schöpfungsgeschichte zu sehen.

Große Eisenhartgussglocke

Für Wohlklang bei den Gottesdiensten sorgt eine in den 1990er-Jahren angeschaffte neue Orgel. Seit 1995 haben sich auch die Klänge aus dem 55 Meter hohen Kirchturm verändert. Rudolf Perner ersetzte drei der vier Eisenhartgussglocken von 1936, welche die Zerstörung des alten Kirchturms überstanden, durch neue Bronzeinstrumente. Im Dienst blieb jedoch die große, rund 3,6 Tonnen schwere Eisenhartgussglocke, die zu den größten ihrer Art in Bayern zählt.