Wie viele gotische Kirchen wurde auch Sankt Stephanus zwischenzeitlich im Barock neu und opulent ausgeschmückt, wovon heute jedoch nichts mehr zu sehen ist. Denn im 19. und mehrmals im vergangenen Jahrhundert wurde der Innenraum der Kirche sozusagen "regotisiert".
Heute ist der Besucher, wenn die Nachmittagssonne durch die Kirchenfenster scheint, fast geblendet vom strahlenden Gold des restaurierten Hauptaltars und der vier Nebenaltäre aus der Zeit der Neugotik. An den Wänden hängen, passend dazu, zahlreiche Gemälde, unter anderem ein Kreuzweg im Stil der Nazarener, den man heute gern als etwas kitschig empfinden mag.

Altarbild von Berta Hummel

Zur Zeit seiner Entstehung war das freilich Ausdruck der tiefen Gläubigkeit, die hier im katholischen Rottal herrschte. Ein Bild hoch an der Seitenwand des Altarraums fällt freilich ein wenig aus diesem Rahmen: es zeigt den Heiligen Bruder Konrad als Almosenspender. Das Gemälde stammt von der berühmtesten Massingerin, Berta Hummel, der Klosterschwester, Malerin und Schöpferin der weltberühmten Hummelbilder und Hummelfiguren, deren vielfältiges Werk künftig in einem Museum zu sehen ist, das der anderen Massinger Sehenswürdigkeit angegliedert ist, dem Freilicht- und Bauernhofmuseum, das jährlich zigtausende Besucher anzieht.