1545 wurde hier die Reformation eingeführt, doch ein kleiner Teil der Bürger blieb weiterhin katholisch. In der Folgezeit traten zunehmend Spannungen zwischen den beiden Konfessionen auf, die 1606 im "Kreuz- und Fahnengefecht" eskalierten, als eine traditionelle katholische Prozession gestört wurde und es dabei sogar zu Handgreiflichkeiten kam! Kaiser Rudolf II. verhängte deshalb die Reichsacht über Donauwörth. Die Stadt wurde wieder rekatholisiert und das protestantische Leben vollständig zurückgedrängt.

Eigenständige Pfarrei

Erst im 19. Jahrhundert nahm die Zahl der evangelisch-lutherischen Christen wieder deutlich zu. Ein bedeutender Tag für sie war sicherlich der 8. Oktober 1863, denn von nun an konnten die Gläubigen zur Gottesdienstfeier in der neu erbauten Christuskirche zusammenkommen. 1881, also vor genau 140 Jahren, wurde das bisherige protestantische Vikariat Donauwörth zur eigenständigen Pfarrei erhoben. Von den schweren Zerstörungen der Stadt im Zweiten Weltkrieg blieb das Gotteshaus weitgehend verschont.
Für die notwendige Erneuerung der Chorfenster wählte der Künstler Karl Jung die Themen Geburt, Auferstehung und Wiederkunft Christi.

3,9 Tonnen Glocken

In den Jahren 1961/62 erfolgte wegen der steigenden Zahl an Gemeindemitgliedern eine Erweiterung der Kirche. Bei dieser Gelegenheit wurde auch der neugotische Fassadenturm abgerissen und durch einen modernen ersetzt. In seiner Glockenstube hängt ein klangvolles, sechsstimmiges Geläut aus der Heidelberger Gießerei Friedrich Wilhelm Schilling. Es ist auf die Töne des erweiterten "Westminster"-Motivs gestimmt und bringt stattliche 3,9 Tonnen auf die Waage.