1972 im oberfränkischen Burgebrach geboren, absolvierte Thomas Schmauser die Otto-Falkenberg-Schule in München von 1992 bis 1996. Schon während seines Schauspielstudiums erhielt er Engagements an den Kammerspielen in München, wo er unter der Regie von Franz Xaver Kroetz in "Burgtheater" und Rainer Werner Fassbinder in "Katzelmacher" spielte. Nach mehreren kleineren Filmrollen hatte er einen ersten großen Kinoauftritt 1995 zusammen mit Franka Potente in Hans-Christian Schmids Komödie "Nach fünf im Urwald".

1999 spielte er in der schwarzen Komödie "Ein todsicheres Geschäft" einen deutschen Bestattungsunternehmer in Wales. Ein Jahr vorher war Thomas Schmauser mit dem O.E.-Hasse-Förderpreis der Akademie der Künste Berlin ausgezeichnet worden.

Von 1998 bis 2000 stand Thomas Schmauser im Niedersächsischen Staatstheater Hannover auf der Bühne, unter anderem spielte er die Rolle des Prinzen Friedrich von Homburg in Heinrich von Kleists gleichnamigem Stück.

Im Jahr 2000 wechselte er in das Ensemble des Thalia Theaters Hamburg, wo er bis 2006 in zahlreichen Inszenierungen zu sehen war. Auch hier spielte Thomas Schmauser noch einmal unter der Regie von Stefan Kimmig Prinz Friedrich von Homburg. 2002 übernahm er die Hauptrolle des Dante in "Purgatorio. Anatomy of Melancholy/ Paradiso. Lux", außerdem stand er unter anderem in "Väter und Söhne" von Iwan Turgenjew, in Lessings "Emilia Galotti", in Friedrich Dürrenmatts "Das Versprechen" und in "Auslöschung ein Zerfall" von Thomas Bernhard auf der Bühne.

Mit Teresa Weißbach ermittelt Thomas Schmauser im Heimatkrimi "Freiwild. Ein Würzburg-Krimi".

In "Ein Sommernachtstraum" verkörperte er unter der Regie von Jorinde Dröse die Rolle des Zettel. Seit 2007 gehört Thomas Schmauser zum Ensemble der Münchner Kammerspiele. Die Inszenierung von Shakespeares "Der Sturm", in der er die Rolle des Caliban spielt, wurde 2008 zum Theatertreffen nach Berlin eingeladen. Parallel zu seiner Theaterlaufbahn stand Thomas Schmauserfür zahlreiche Kino- und Fernsehproduktionen vor der Kamera.

Auf dem Max-Ophüls-Festival 2001 war er gleich mit drei Filmrollen vertreten. Außer in dem bereits erwähnten Kinofilm "Ein todsicheres Geschäft", spielte er noch in "Die Einsamkeit der Krokodile" (2000) und in dem Kurzfilm "Auf die Frauen, die Kunst und das, was wir lieben" (2000). In "Ein Dorf sucht seinen Mörder" stand Thomas Schmauser 2002 mit Josef Bierbichler vor der Kamera, in "Leo" (2004) spielte er neben Gisela Schneeberger und Elmar Wepper. 2007 fiel für den Kinofilm "Räuber Kneißl" die letzte Klappe, und es entstand der bayerische Heimatkrimi "Freiwild. Ein Würzburgkrimi", in dem Thomas Schmauser einen eigenwilligen Kommissar verkörpert. 2011 drehte er eine weitere Folge des Heimatkrimis mit dem Titel "Der Bamberger Reiter. Ein Frankenkrimi".