Da Aristoteles nach Platons Tod nicht in dessen Fußstapfen als Akademieleiter treten konnte oder wollte, folgten für ihn nun einige unruhigere Jahre. Zunächst ging er als "Filialleiter" von Platons Akademie nach Kleinasien: nach Assos und Lesbos. Als Makedone zu gelten, half ihm einerseits, wenn die jeweiligen Lokalherrscher den Makedonen freundlich gesinnt waren. Andererseits zwang ihn dies aber auch immer wieder, Abstand zu den feindlichen Persern zu halten. Fern des Athener Klüngels, dem er als Quasi-Fremder sowieso nicht angehörte, konnte er sich so seinen Naturstudien widmen. Er konnte Pflanzen und Tiere sammeln und deren Gemeinsamkeiten und Unterschiede ergründen. Warum atmen manche Tiere Luft und andere Wasser? Was sind die Aufgaben der verschiedenen Organe? Als der makedonische König bittet, die Schmetterlinge Schmetterlinge sein zu lassen und stattdessen Privatlehrer seines Sohnes Alexander zu werden, sagt man allerdings auch als berühmtes Genie nicht nein. Drei Jahre lang unterrichtete Aristoteles den noch nicht ganz so "großen" Jugendlichen, der wenige Jahre später als Alexander der Große die Welt erobern sollte. Ob ihm dabei das Wissen, das ihm Aristoteles vermittelte, besonders half, können wir nicht mehr sagen.