Die Bewohner, Untertanen des Salzburger Erzbischofs, lebten unbehelligt von Kriegen bis in die Zeit Napoleons. Nach tausend Jahren Zugehörigkeit zu Salzburg wechselte mehrfach der Landesherr und 1810 kam Freilassing zum Königreich Bayern.

Salzburger Landkirchen-Stil

Die Marienkirche soll in ihrer Grundanlage auf den frühmittelalterlichen Herzogshof zurückgehen. Heute wirkt das Gotteshaus in seiner Nüchternheit und auch nach drei Stil-Perioden wie ein Bauwerk aus der Biedermeierzeit.
Ein niedriger, breit gelagerter Rechteckbau ohne viel Schmuckwerk. Auch der kräftige Turm mit dem Spitzhelm ist weitgehend freigehalten von zierenden Elementen – ganz im Stil vieler Salzburger Landkirchen des 18. Jahrhunderts. Kein Stuck, keine Deckenmalereien.
Die heutige dekorative Ausmalung von 1920 und die Ausstattung knüpfen an frühklassizistische Vorbilder nach Salzburger Art an. Wie etwa der schöne Hochaltar aus vielfarbigem Untersberger Marmor. Er wurde nach dem Entwurf des Architekten Wolfgang Hagenauer gestaltet, einem Neffen von Mozarts Hausherrn und Gönner Lorenz Hagenauer.

War Freilassing zu dieser Zeit noch ein unbedeutender Ortsteil von Salzburghofen, so änderte sich das vor allem durch den Bahnbau ab 1860. 1922 forderten die Bürger von Freilassing mit Erfolg die Änderung des Gemeindenamens.
Nur noch einige Gebäude, wie der seit 1350 bestehende, stattliche Mirtlwirt, erinnern an die frühere Bedeutung von Salzburghofen.