Herzog Ludwig der Kelheimer gründete weiter südlich einen erstmals 1197 bezeugten Markt – und damit das Zentrum der heutigen Kreisstadt Pfaffenhofen an der Ilm – dessen Mitte der 78 Meter hohe Turm der katholischen Stadtpfarrkirche markiert.

Prächtige barocke Ausstattung

Bei einem Stadtbrand wurde 1388 fast der gesamte Ortskern zerstört, darunter auch das Gotteshaus. Eine neue Kirche entstand als stattliche, dreischiffige Basilika. Die Bauarbeiten am imposanten Turm mit seinem achteckigen Aufbau waren erst 1531 abgeschlossen.
Um 1670 bekam St. Johannes Baptist ein prächtiges, barockes Kleid. Bei der Ausgestaltung waren Matthias Schmuzer und Johann Pöllandt beteiligt. Von Schmuzer stammen Ranken, Gehänge und Rosetten, von Pöllandt die Apostelfiguren sowie die Statuen Salvator mundi und Regina coelorum. Den raumfüllenden Hochaltar schuf 1672 Johann Pader. Jünger ist das Hauptgemälde aus dem 19. Jahrhundert. Es zeigt St. Johannes den Täufer, den Kirchenpatron, der auf das Lamm Gottes hinweist.
Auch die Orgel gehört zu den jüngeren Ausstattungsstücken: Sie stammt aus dem Jahr 1976 und wurde von Hubert Sandtner gefertigt. Sie hat 40 Register auf drei Manualen und Pedal mit etwa 2800 Orgelpfeifen.

Älteste Glocken von 1786

Nach einem Blitzschlag 1768 brannte der Turm mit seinen fünf Glocken völlig aus und wurde im selben Jahr erneuert. Das heutige Geläute mit Glocken des Münchner Gießers Johann Lorenz Kraus von 1786 und des Erdinger Gießers Karl Czudnochowsky aus dem Jahr 1949 besteht wiederum aus fünf Glocken in der Stimmung c'-e'-g'-a'-h' und ergibt ein erweitertes Salve-Regina-Motiv.