Eine Urkunde aus dem Jahr 888 bestätigt die Siedlung Krautheim als dem Frankenkönig Arnulf zugehörig, der sie seinem Dienstmann Epo übergibt. Kirchlich dokumentiert ein Pergament von 1429, dass Krautheim als Volkacher Filialkirche ein eigenes, dem Hl. Michael geweihtes Gotteshaus besaß. Besonders im Dreißigjährigen Krieg wurden die Bürger mehrfach zwischen den Glaubensfronten aufgerieben. Heute wird die Pfarrei vom Evangelisch-Lutherischen Pfarramt Zeilitzheim betreut.

Taufstein von 1610

Eine erste romanische Kapelle ist anno 1150 überliefert. Gesicherte Berichte über eine größere Kirche stammen aus dem Jahr 1429. St. Michael liegt mitten im Dorf südlich des Friedhofs. Das außen kompakt wie schlicht gehaltene Langhaus wurde durch die Jahrhunderte viermal baulich verändert, 1970 abgerissen, neu errichtet und 1973 feierlich geweiht.
Der Innenraum wirkt heute, nach der anderthalbjährigen Renovierung, hell, klar strukturiert und freundlich. Im Chorraum fällt sofort der leicht vorgerückte Altar mit dem Altarblatt "Der Gekreuzigte, Maria und Johannes" ins Auge. Der Krautheimer Taufstein stammt aus dem Jahr 1610, die Kanzel wurde 1791 von Schreinermeister Täubner und Bildhauer Thürner gefertigt, den Schalldeckel ziert das Wappen derer von Werdau.

Glocken aus dem 18. Jahrhundert

Um 1600 hat man dem dreigeschossigen Turm den charakteristischen Echter-Spitzhelm aufgesetzt, der bis heute bayernweit eher katholische Kirchen prägt. Alle drei Krautheimer Glocken sind Würzburger Gewächse, die älteste wurde von Adam Roth 1736, die beiden kleineren 1765 gegossen.