Pompeius, der als römischer Oberbefehlshaber das Mittelmeer von der Seeräuberplage befreite, unterhielt enge Beziehungen zu dem verstorbenen Herrscher Ptolemaios XII., bei Ausbruch des Bürgerkrieges unterstützten ihn Kleopatra und ihr Bruder mit Schiffen und Geld. Nach seiner Niederlage bei Pharsalos erhofft er sich weitere Hilfe, doch Ptolemaios XIII. setzt auf den Sieger Caesar und lässt den einst so mächtigen Pompeius ermorden. Im Oktober 48 trifft Caesar in Ägypten ein, zeigt aber nur wenig Dankbarkeit. Der siegesgewohnte Heerführer, der aus einer der ältesten römischen Adelsfamilien stammt und eine enorme politische Schöpferkraft mitbringt, erklärt sich für befugt, die ägyptischen Thronstreitigkeiten zu beenden.

Caesar macht Kleopatra zur Herrscherin Ägyptens

Sofort ergreift Kleopatra die Initiative und kehrt nach Alexandria zurück. Angeblich in einen Teppich oder in einen Wäschesack gewickelt, lässt sie sich an den Wachen des Bruders vorbeischmuggeln und zu Caesar bringen. Ihr Bruder hatte dem 52-jährigen Römer den Kopf des Pompeius dargeboten, die 21-jährige Kleopatra schenkt sich ihm selbst. Wie es scheint, bewegt sie Caesar, sonst ein nüchterner Verstandesmensch, mit einer erotischen Frontalattacke dazu, ihr zu helfen. Caesar, der eigentlich gekommen war, um den besiegten Pompeius gefangen zu nehmen, hat nur eine zahlenmäßig schwache Truppe mitgebracht. Dennoch nimmt er den Kampf gegen die Soldaten des Ptolemaios auf, lässt in einem Überraschungscoup die ägyptische Flotte in Brand setzen und Verstärkungen heranholen. Ptolemaios fällt oder wird beseitigt, Kleopatra besteigt den Thron. Als Caesar im April 47 Alexandria verlässt, stationiert er drei Legionen in Ägypten. Deren Befehlshaber Rufinus soll die Königin beschützen, sie aber auch überwachen. Im September 47 bringt Kleopatra einen Sohn zur Welt: Ptolemaios Kaisar. Caesars Vaterschaft sehen einige moderne Historiker mit Skepsis, in der Antike hielt sich der Argwohn dagegen in Grenzen.

Kleopatra residiert in Rom

Die Rückkehr Caesars nach Rom wird im Herbst 46 mit einem großen Triumphzug gefeiert. Kaum angekommen, lädt er Kleopatra ein. Die Königin Ägyptens erscheint mit Sohn und orientalischem Hofstaat. Sie bezieht eine Villa jenseits des Tibers, in der sie prunkvoll Hof hält, Gartenfeste und Empfänge veranstaltet. Schnell wird die Meisterin der Inszenierung zum Stadtgespräch, zumal sie als Geliebte Caesars gilt, der jedoch mit Calpurnia verheiratet ist. Caesars Beziehung zu Kleopatra bietet seinen Gegnern Angriffsfläche, doch als Alleinherrscher - zunächst ist er Diktator auf zehn Jahre, ab dem Jahr 44 auf Lebenszeit - fühlt er sich sicher. Auf Caesars hemmungsloses Machtstreben, die zunehmende Vergottung - und nicht zuletzt auf sein Konkubinat - reagieren Mitglieder des Senats unter M. Junius Brutus und C. Cassius mit einem Komplott. An den Iden des März (15.3.) im Jahr 44 stirbt Caesar unter den Dolchen der Verschwörer. Fluchtartig verlässt Kleopatra Rom.

Der Konsul und langjährige Mitkämpfer Caesars, Marcus Antonius, sein Großneffe und Erbe Octavianus und der Militär M. Aemilius Lepidus bilden ein Triumvirat und organisieren die Verfolgung politischer Gegner (Proskription), der auch der große Redner M. Tullius Cicero zum Opfer fällt. Der Bürgerkrieg gegen die Mörder Caesars endet im Jahr 42 mit dem Sieg des Triumvirats über Brutus und Cassius in der Schlacht bei Philippi in Makedonien. Die nach Ägypten zurückgekehrte Kleopatra verhält sich in der Auseinandersetzung neutral (beide Seiten sind an den Hilfsquellen Ägyptens interessiert), was Historiker als beachtliche diplomatische Leistung würdigen.