Kritiker wie die Menschenrechtsorganisation "Watch Indonesia" sehen noch viele Schwächen des Systems: vor allem bei der Aufarbeitung des Unrechts unter der Suharto-Diktaktur. So seien weder die vielen von Militärs verübten Verbrechen gegen die Menschlichkeit geahndet worden noch sei die Rolle des Staates ausreichend geklärt. Statt einen echten Neuanfang zu gestalten, so schreibt Fabian Junge von "Watch Indonesia" in der Frankfurter Rundeschau, "hat sich ein System etabliert, das Elemente aus Demokratie und Autokratie verbindet, in dem freie Wahlen, Meinungs- und Pressefreiheit einhergehen mit einem politisch mächtigen Militär, mit Machtmissbrauch und Menschenrechtsverletzungen."

Einen besonders schweren Stand hatte die chinesische Minderheit im Land. Geschäftlich erfolgreich, wurde sie zum "Sündenbock für Korruption und Misswirtschaft", so titelte die "Gesellschaft für bedrohte Völker" (GfbV). Der Volkszorn gegen die rund sieben Millionen Chinesen im Land entlud sich 1998 in schweren Pogromen.

Aber auch religiös gefärbte Konflikte schwelen. Knapp 90 Prozent der fast 250 Millionen Indonesier sind Muslime. Die Christen und Hindus, Buddhisten und Anhänger von Naturreligionen sind Minderheiten. Die zahlenmäßige Übermacht des Islam führt zu einer Marginalisierung der anderen Religionen. So sind in den vergangenen zehn Jahren mehr als 10.000 Menschen bei Auseinandersetzungen zwischen Moslems und Christen ums Leben gekommen. Auch die Indigenen in West-Papua, die Dayak in Borneo, die Kubu in Ostsumatra und die so genannten Seenomaden haben einen schweren Stand. Sie gelten als "zurückgeblieben" und sind "Objekte staatlicher Entwicklungsmaßnahmen", so berichtet es 2005 die GfbV.

Häuptling in Papua-Neuguinea

Die größten Konflikte gab es in den vergangenen Jahren in Aceh und West-Papua. In den Außenprovinzen bestand schon seit Kolonialzeiten der Drang zur Unabhängigkeit. Nach vielen negativen Erfahrungen mit der neuen Staatsmacht - der blutigen Niederschlagung von Aufständen, der starken Kontrolle durch das Militär, den Repressalien während der Suharto-Diktatur - wendeten sie sich von der identitätsstiftenden Staatsphilosophie ab. Die Javaner wurden als neue Kolonialisten empfunden, gegen die die eigenen Traditionen verteidigt werden müssten. Heute genießt Aceh weitgehende Autonomie, ohne jedoch vollkommen unabhängig zu sein. Die Guerillabewegung GAM ist entwaffnet und durch die Gründung einer Partei ins politische System gefügt.

In West-Papua dagegen steht die Befriedung noch aus. Der östlichsten Provinz Indonesien fehlte das einigende Gefühl, die Kolonialmacht überwunden zu haben - auch die neue Republik bediente sich der Gewalt, um Seperationsbestrebungen zu unterdrücken. Ende der 1970er Jahren warf das Militär sogar Napalmbomben gegen die Bevölkerung. Untereinander zerstrittenen Guerillagruppen gelingt es nicht, die Menschen in dem gemeinsamen Ziel der Autonomie zu einen. Bis heute werden auch die kleinsten Ansätze von Widerstand brutal unterdrückt.

Ein dritter Konfliktherd, Kalimantan, liegt in der Auseinandersetzung zwischen den einheimischen Dayak und den eingewanderten Maduresen begründet. Er ist ein negatives Lehrstück, wie mangelnde politischen Einflussmöglichkeit, Ausbeutung der Ressourcen und schlechte Integration Gewalt schüren können. Im indonesischen Teil der Insel Borneo versagt die auf den gemeinsamen guten Willen der Ethnien setzende Staatsideologie angesichts unüberbrückbarer Differenzen.