An dem als "Reichskristallnacht" verharmlosten Novemberpogrom 1938 ist die SS ebenso beteiligt, wie an der fortschreitenden "Arisierung". Zu Beginn des Zweiten Weltkriegs bereitet sich Himmler auf neue Aufgaben vor. Mit der Ernennung zum "Reichkommissar für die Festigung des deutschen Volkstums" erhält er im Oktober 1939 die Zuständigkeit für die Umsiedlungs- und Germanisierungspolitik in Ost- und Südosteuropa.

Himmlers Volkstumspolitik im Osten

Von dem SS-Oberführer Konrad Meyer lässt sich Himmler den "Generalplan Ost" für die Ansiedlung von Deutschen in den zu erobernden Gebieten ausarbeiten. Um ein "großgermanisches Reich" zu schaffen, sollen Millionen Juden, Polen und Russen umgebracht bzw. vertrieben werden. Bei einer Besprechung im Sommer 1941 erwähnt Himmler, dass es wohl nötig sein werde, die Bevölkerung der Sowjetunion um 30 Millionen Menschen zu reduzieren.

Seine Vorstellungen von deutscher Besatzungspolitik fasst Himmler in der geheimen Denkschrift "Behandlungen der Fremdvölker im Osten” zusammen: Ziel der Besatzungspolitik ist es, Polen seiner Oberschicht, seiner Staatlichkeit und Kultur zu berauben. Die Polen sollen ein unfreies Arbeitsvolk werden. Man muss, so der SS-Chef, das Land mit seinen zahlreichen Völkerschaften "in möglichst viele Teile und Splitter zergliedern”, die "rassisch Wertvollen aus diesem Brei herausfischen” und den Rest verkümmern lassen. "Für die nichtdeutsche Bevölkerung darf es keine höhere Schule geben als die vierklassige Volksschule. Das Ziel dieser Volksschule hat lediglich zu sein: Einfaches Rechnen bis höchstens 500, Schreiben des Namens, eine Lehre, dass es ein göttliches Gebot ist, den Deutschen gehorsam zu sein und ehrlich, fleißig und brav zu sein. Lesen halte ich nicht für erforderlich”.

Polnische Waisenhäuser lässt Himmler auflösen, die Kinder nach rassischen Merkmalen untersuchen und im Falle des Entdeckens "nordischer Wesenszüge” in deutsche Kinderheime überführen. Später werden auch Kinder aus polnischen Familien nach Deutschland geschickt. Heime der Organisation "Lebensborn" nehmen diese Kinder auf und vermitteln sie an die Familien kinderloser SS-Angehöriger.

Himmler plant den Völkermord

Der vorrückenden Wehrmacht folgen SS-Trupps, die bereits 1939/40 Angehörige der polnischen Führungsschicht ermorden. Nach dem Angriff auf die Sowjetunion am 22. Juni 1941 nehmen sogenannte Einsatzgruppen der SS oft unter dem Vorwand von "Bandenbekämpfung" und Vergeltungsmaßnahmen Massenerschießungen vor. Die Einsatzgruppen A (baltischer Raum), B (Weißrussland) sowie C (Ukraine) und D (Südrussland) sind je 500 bis 1.000 Mann stark. Anfangs werden die jüdischen Männer, bald auch Frauen und Kinder getötet. Im August 1941 beginnt die systematische Auslöschung der jüdischen Gemeinden in den besetzten sowjetischen Gebieten. Dabei gelingt es den SS-Kommandos nicht selten, die einheimische Bevölkerung zu Pogromen aufzuhetzen. Himmler sieht sich selbst Exekutionen an und hält Ansprachen an seine Männer.

Heinrich Himmler, den der Historiker Richard Breitman als "Architekt der Endlösung" bezeichnet, organisiert die Ermordung der europäischen Juden. Die SS ist für die Zwangsdeportation der deutschen Juden aus dem Reich nach Polen zuständig, sie betreibt die Vernichtungslager, baut Gaskammern und errichtet ein auf Zwangsarbeit basierendes Wirtschaftsimperium. In einer Rede, die Himmler am 4. Oktober 1943 vor SS-Gruppenführern in Posen hält, erklärt er: "Ich will hier vor Ihnen in aller Offenheit auch ein ganz schweres Kapitel erwähnen. Unter uns soll es einmal ganz offen ausgesprochen sein, und trotzdem werden wir in der Öffentlichkeit nie darüber reden. (…) Ich meine jetzt die Ausrottung des jüdischen Volkes. (…) Von Euch werden die meisten wissen, was es heißt, wenn 100 Leichen beisammen liegen, wenn 500 daliegen oder wenn 1.000 daliegen. Dies durchgehalten zu haben und dabei, abgesehen von Ausnahmen menschlicher Schwächen, anständig geblieben zu sein, das hat uns hart gemacht. Das ist ein niemals geschriebenes und niemals zu schreibendes Ruhmesblatt unserer Geschichte".