CSU und auch die CDU wurden kurz hintereinander gegründet. Die CDU am 26. Juni 1945 und die CSU am 13. Oktober 1945. Ursprünglich sollte die CSU "Christlich-Soziale Union in Bayern" heißen, doch die Parteigründer wollten sich 1945 noch eine Option offenhalten, sich in ganz Deutschland auszubreiten und entschieden sich für den Namen "Christlich-Soziale-Union".
Die CSU verstand sich als interkonfessionelle Sammlungspartei und nichtsozialistische Alternative zu den Arbeiterparteien. Erster Vorsitzender wurde Josef Müller, der als "Ochsensepp" in die Parteigeschichte einging. Die CSU verstand sich als Partei, die sich klar vom Nationalsozialismus abgrenzte. Die Erfahrung gemeinsam erlittener Verfolgung war das Motiv dafür, dass sich 1945 Männer und Frauen in der CSU zusammenfanden, die vor 1933 unterschiedlichen politischen Lagern angehörten.
1948 sprach sich die CSU gegen einen Zusammenschluss mit den übrigen, damals noch bestehenden Unionsparteien aus und entwickelte sich konsequent zur Partei für Bayern mit bundesweitem Anspruch. Das bedeutete, die CSU konzentriert sich seither ausschließlich auf Bayern. Die CDU verzichtet im Gegenzug darauf, auch in Bayern anzutreten. Im Herbst 2016 scheiterte deswegen auch ein Anwaltspaar aus Bayern, das vor Gericht dafür geklagt hatte, im Freistaat auch CDU wählen zu können.
CSU oder CSU-Ableger auch außerhalb Bayerns
In der Geschichte der CSU gibt es trotz der Übereinkunft zwischen CSU und CDU kurze Episoden, in denen eine Partei mit dem Namen CSU auch außerhalb Bayerns auftrat. So wurde 1955 im Saarland ein CSU-Saar-Verband gegründet, allerdings gegen den Willen der CSU in Bayern. Nach dem Fall der Mauer gab es dann in den ostdeutschen Ländern Initiativen mit der DSU eine Art Ost CSU zu gründen. Zunächst wurde die DSU von der CSU unterstützt. Allerdings dauerte diese Tolerierung nicht lange. Die DSU versank bald in der politischen Bedeutungslosigkeit.
Seit 1946 Arbeitsgemeinschaft zwischen CSU und CDU, seit 1949 Fraktionsgemeinschaft
Schon 1946 gründeten die CSU und die unter dem Namen CDU vereinten christlich-konservativen Parteien eine Arbeitsgemeinschaft für den Informationsaustausch zwischen den Parteigremien auf Zonen- und Länderebene und in den gemeinsamen CDU/CSU-Fraktionen im Wirtschaftsrat und im Parlamentarischen Rat, der das Grundgesetz erarbeitete. Konrad Adenauer galt seit 1948 als CDU-Vorsitzender, doch weil die Bundespartei erst 1950 gegründet wurde, gibt es streng genommen erst seit dieser Zeit eine Bundes-CDU.
Die Fraktionsgemeinschaft zwischen CDU und CSU im Deutschen Bundestag besteht seit 1949 und wird zu Beginn einer Legislaturperiode immer von CDU und CSU erneuert. Der Vorsitzende der CSU-Landesgruppe besitzt als stellvertretender Chef der Gesamt-Unionsfraktion eine herausgehobene Stellung und vergleichsweise viel Einfluss. In der Vereinbarung, die beide Parteichefs unterzeichnen, wird die Grundlage für die Fraktionsgemeinschaft mit gemeinsamen politischen Zielen und der Tatsache begründet, dass CDU und CSU "in keinem Bundesland miteinander in Wettbewerb" stehen.