Wegeners Polizeilaufbahn begann 1952 bei der Bereitschaftspolizei in Baden-Württemberg. 1958 wechselte er zum Bundesgrenzschutz, wo er Leutnant und Hundertschaftsführer wurde. Er diente auch bei der Nato und später als Verbindungsoffizier beim Bundesinnenministerium, bevor ihn der damalige Innenminister, der FDP-Politiker Hans-Dietrich Genscher, 1972 nach dem Anschlag auf die Olympischen Spiele in München damit beauftragte, die Grenzschutztruppe 9, die Anti-Terror-Einheit des Bundesgrenzschutzes, zusammenzustellen.
Träger des Großen Verdienstkreuzes
In Wegeners Zeit als Kommandeur fiel unter anderem der "Deutsche Herbst" im Jahr 1977. In der Nacht von 17. auf 18. Oktober leitete er den Einsatz zur Befreiung der Lufthansa-Maschine "Landshut", die palästinensische Terroristen auf das Flugfeld von Mogadischu entführt hatten. Dafür erhielt Wegener das Große Verdienstkreuz des Verdienstkreuzes der Bundesrepublik Deutschland.